Om det där var tagen från terrain.png inne i minecraft.jar så ja, det är det du ska göra om.
De är gråa pga de har color mask med sig, dvs de bär olika färger/nyanser, därav självaste texturen står för strukturerna.
Med andra ord, de är löv till alla träd, löven själv på diverse träd har olika nyanser tack vare color masken.